Není to vůbec nutné. Naopak pak mohou růst pomaleji, protože může být poškozena rovnováha mikroflóry na povrchu houbiček. Nejpřirozenější pro ně je, když zůstanou v trošce hotového kefíru - však ony se opláchnou v tom novém mlíce. Při někdejším zacházení s kefírem na Kavkaze se kefír do styku s vodou nedostával - zůstával stále v kožených vacích a pokaždé byla slita jen část kefíru a dolita čerstvým mlékem. Tím se také urychlila fermentace.
Jediné, co se doporučuje čas od času udělat (jednou za několik týdnů), je naordinovat kefíru půst v čisté vodě. Dáš prostě houbičky do sklenice převařené nebo filtrované vody a necháš je tam 12 až 24 hodin. Pak je zase naložíš obvyklým způsobem. Je to dobré pro jejich čištění a zdraví. Použitou vodu (které se říká kefiraride) nevylévej, dá se použít na kosmetické účely - nalít do koupele, k oplachování obličeje, na různé kožní problémy - nebo třeba vylít na kompost.